Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms