Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms