Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SYNE3Q6ZMZ3 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SYNE3Q6ZMZ3 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms