Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms