Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
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USP53Q70EK8 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
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USP53Q70EK8 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
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USP53Q70EK8 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
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USP53Q70EK8 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
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