Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
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