Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AL589935.2-201ENST00000616471 1231 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
MSX1P28360 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
MSX1P28360 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
MSX1P28360 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms