Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SF3A1Q15459 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SF3A1Q15459 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
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