Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
RPUSD4Q96CM3 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms