Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.1 ms