Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIG3P49916 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms