Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms