Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NUP88Q99567 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms