Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms