Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD3P31249 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms