Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMD1Q9UGP4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMD1Q9UGP4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms