Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC42Q96M95 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC42Q96M95 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC42Q96M95 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms