Protein–RNA interactions for Protein: Q6STE5

SMARCD3, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCD3Q6STE5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCD3Q6STE5 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCD3Q6STE5 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMARCD3Q6STE5 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SMARCD3Q6STE5 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms