Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SF3A1Q15459 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SF3A1Q15459 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms