Protein–RNA interactions for Protein: P55287

CDH11, Cadherin-11, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH11P55287 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CDH11P55287 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CDH11P55287 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CDH11P55287 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CDH11P55287 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CDH11P55287 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CDH11P55287 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CDH11P55287 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CDH11P55287 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH11P55287 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH11P55287 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH11P55287 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH11P55287 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH11P55287 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH11P55287 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH11P55287 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH11P55287 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH11P55287 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH11P55287 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH11P55287 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH11P55287 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH11P55287 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH11P55287 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH11P55287 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH11P55287 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH11P55287 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH11P55287 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH11P55287 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH11P55287 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH11P55287 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH11P55287 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH11P55287 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH11P55287 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH11P55287 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH11P55287 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH11P55287 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH11P55287 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH11P55287 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH11P55287 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH11P55287 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH11P55287 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH11P55287 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CDH11P55287 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms