Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIMS1P48059 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms