Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LHX3Q9UBR4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms