Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.24
CUX1P39880 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CUX1P39880 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CUX1P39880 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms