Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms