Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms