Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USF3Q68DE3 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms