Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
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