Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms