Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms