Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms