Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms