Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms