Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
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