Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
MSX1P28360 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ATP5L2-201ENST00000505920 799 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms