Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms