Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms