Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms