Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms