Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMC4Q9NTJ3 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.7 ms