Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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PDLIM3Q53GG5 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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PDLIM3Q53GG5 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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PDLIM3Q53GG5 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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PDLIM3Q53GG5 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
PDLIM3Q53GG5 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
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