Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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