Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL136460.1-201ENST00000442389 473 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC007370.1-201ENST00000503163 316 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LINC02428-201ENST00000508099 527 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CNIH1-203ENST00000553660 785 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC136944.1-201ENST00000567464 560 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC064807.4-201ENST00000607201 407 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL031667.3-201ENST00000620124 655 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FCAR-203ENST00000355524 1483 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC022028.1-201ENST00000412054 408 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KATNBL1P4-201ENST00000503545 918 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH5O43196 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC069277.2-201ENST00000454211 432 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LINC00564-201ENST00000567258 1119 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms