Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms