Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms