Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms