Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms