Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms