Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP4AQ9BY43 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms