Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms