Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC140Q96MF4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC140Q96MF4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC140Q96MF4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms